Es besteht kein großer Unterschied mehr, da das Bleichen mit Chlor inzwischen entweder verboten ist, oder die Firmen sowieso andere Bleichmittel verwenden. Am sinnvollsten ist es natürlich, gar keins zu verwenden, sodass das dunkle Papier in dieser Hinsicht umweltfreundlicher ist.
ABER: Dunkles Papier ist keine Garantie dafür, dass es auch holzfrei ist! Nur, wo holzfrei draufsteht, ist auch holzfrei drin. Allerdings ist diese Sorte Papier kaum mehr zu bekommen, weil absolut holzfreies Recycling-Papier nicht reißfest ist, zu viel Tinte aufsaugt, vergilbt, und die Schrift darauf sehr schnell (d.h. innerhalb weniger Jahre) verblasst. Das hat man aus den ersten Erfahrungen mit Recycling-Papier gelernt: Ein gewisser Holzanteil MUSS einfach sein.
Wobei ich nicht behaupte, dass "holzfrei = umweltfreundlich" ist. Zurzeit gibt es in Deutschland einen gewissen Holzüberschuss wegen Trockenheit und Borkenkäferfraß in den letzten Jahren; es wäre vielleicht sogar "umweltfeindlicher", diesen Überschuss nicht zu verwerten. Die Bäume sind ja sowieso schon gefällt, und für etwas anderes als Papier kann man sie nicht verwenden.